沿革
| 昭和５５年１１月 | 学術審議会「大学等における核融合研究の長期的推進方策について」建議 |
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| 昭和６１年２月 | 学術審議会特定研究領域推進分科会核融合部会「大学における今後の核融合研究について」報告 ・・・・大型ヘリカル装置建設（岐阜県土岐市に建設）、推進母体として新たな大学共同利用機関の設立 |
| 昭和６３年３月 | 核融合研究所（仮称）の組織及び次期大型ヘリカル装置計画の概要策定 |
| 昭和６３年４月 | 核融合科学研究所（仮称）創設準備委員会及び創設準備室設置 |
| 平成元年５月 | 核融合科学研究所「名古屋市 千種区」に設立 |
| 平成４年４月 | 総合研究大学院大学数物科学研究科核融合科学専攻設置 |
| 平成７年８月 | 大型ヘリカル実験棟しゅん功 |
| 平成９年７月 | 土岐地区へ移転 研究所所在地を「岐阜県」に変更 |
| 平成９年１２月 | 大型ヘリカル装置（ＬＨＤ）完成 |
| 平成１０年４月 | ＬＨＤ実験開始 |
| 平成１１年４月 | 炉工学研究センター設置 |
| 平成１６年４月 | 大学共同利用機関法人「自然科学研究機構」設立、同機構の一研究所に再編 国立大学法人総合研究大学院大学発足、同大学院大学物理科学研究科核融合科学専攻設置 |
| 平成１６年５月 | 創立１５周年記念式典挙行 |
| 平成１９年４月 | シミュレーション科学研究部設置 |
| 平成２２年４月 | 研究組織を改編統合、ヘリカル研究部設置 |
| 平成２６年２月 | 研究力強化戦略室設置 |
| 平成２８年４月 | 対外協力部設置 |
| 平成２９年３月 | LHD重水素実験開始 |
| 令和元年 | 創立３０周年（土岐市移転２２周年）記念式典挙行 |
| 令和４年１２月 | LHD重水素実験終了 |
| 令和５年４月 | 研究組織等を改編、ユニット体制移行 ＬＨＤはミッションを学際的研究に転換し、学術研究基盤として運用開始 |